رایج ترین كاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل های بیماریرا در روده است. افرادی كه تحت آزمایش مدفوع قرار می گیرند، باید برای مدت ۷ تا ۱۰ روز پیش از انجام این ازمایش از درمان با روغن كرچك یا روغن های معدنی، بیسموت، منیزیم، تركیبات ضد اسهال، تنقیه با باریوم و مصرف آنتی بیوتیك ها خودداری نمایند. بهتر است این آزمایش در سه نوبت انجام شود. نمونه مدفوع باید مستقیما” در ظرفی كه از طرف آزمایشگاه در اختیار بیمار قرار می گیرد جمع آوری شود. اگر بیمار بستری است. نمونه را در یك ظرف خشك جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص آبسلانگ ). نمونه را به ظرف برچسب دار منتقل نمایید. نمونه مدفوع نباید با ادرار یا آب آلوده شود زیر ادرار می تواند برخی از انگل های فعال را از بین ببرد.
بیماران باید نمونه جمع آوری شده را مخصوصا” در موارد مشكوك به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه تحویل دهند. اگر انجام آزمایش حداكثر تا ۳۰ دقیقه پس ازجمع آوری نمونه امكان پذیر نباشد لازم است تا نمونه در یخچال قرار داده شود.